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La historia nos sitúa al inicio de la jornada laboral del que debía ser un día cualquiera de Gordon en las instalaciones de Black Mesa. Desde el primer momento el jugador tendrá control de Gordon y a modo de introducción verá como el protagonista es transportado en un monorriel automatizado que lo adentra en el complejo subterráneo. Una vez en las instalaciones, Gordon interactuará con algunos de sus compañeros de trabajo y se enfundará en su traje especial (HEV MARK IV) para iniciar un experimento basado en unos misteriosos materiales anómalos. Sin embargo, durante el experimento algo no sale según lo previsto y Freeman abre involuntariamente un agujero interdimensional que da acceso a un mundo paralelo llamado
Xen, el cual está poblado por criaturas
extraterrestres (los más conocidos son los
Vortigaunts o "esclavos"). Durante el incidente la sala de pruebas donde estaba Freeman queda destruida por la secuencia de resonancias, pero él consigue escapar de allí gracias al traje de protección. Tras volver a su dimension, después de haber sido atrapado en una tormenta de portales, tendrá que hacer frente a las consecuencias imprevistas del experimento al descubrir que una horda de
extraterrestres ha invadido el complejo científico, atacando a su personal y destruyendo todo a su paso.
Conforme avanza por el lugar, Gordon hallará a su paso cadáveres humanos, escombros y voraces criaturas que persiguen a los supervivientes. Nuestro protagonista, con el apoyo de colegas ocasionales y guardias de seguridad del centro, se enfrentará a los extraterrestres con el propósito de sobrevivir y volver a la superficie, para buscar ayuda. El talento de Freeman le permitirá explotar un vasto arsenal y mantenerse vivo mientras trata de comprender lo ocurrido. Durante su viaje, descubrirá que el gobierno de los
Estados Unidos intenta encubrir el accidente mediante el envío de un comando de elite especial para entornos hostiles. Numerosos soldados bien equipados, entrarán en los restos del complejo subterráneo a fin de contener la invasión extraterrestre y silenciar al personal superviviente de Black Mesa. Ya sin esperar ayuda desde el exterior, Freeman, con el asesoramiento de sus compañeros supervivientes, establece un nuevo objetivo: tratar de llegar al complejo Lambda al otro lado de las instalaciones de Black Mesa, donde existe una vía de acceso a Xen con la que poner fin a la invasión alienígena.
A medida que avanza, Gordon se enfrentará a situaciones cada vez más difíciles, tenebrosas y extrañas. Entre los misterios que lo rodean, figuran las apariciones de un extraño personaje que observa a Gordon desde la lejanía y que aparenta ser un hombre vestido con traje azul portando consigo un maletín oscuro. El papel de este misterioso personaje conocido como
G-Man, no será revelado en ningún momento.
Finalmente Freeman es teletransportado a Xen, donde descubrirá que no es el único que ha alcanzado el lugar ya que encontrará cadáveres enfundados en trajes especiales como el suyo que anteriormente trataron de enfrentarse a
Nihilanth, un ser de Xen que mantiene abiertos los portales a la Tierra. Sin embargo, a diferencia de sus antecesores Gordon conseguirá destruir a la gigantesca criatura poniendo así fin a la amenaza del portal. O al menos eso cree él.
Tras la hazaña, G-Man hará aparición capturando a Gordon y situándolo en un monorriel automatizado como el que le transportaba al inicio de la historia, mientras le dice: "...me tomé la libertad de despojarle de todas sus armas, en cualquier caso, la mayoría eran propiedad del gobierno. En cuanto al traje, se lo ha ganado..."
Finalmente G-Man propone a Gordon trabajar para sus "empleadores" con "una oferta que no podrá rechazar". A partir de ese momento, hay dos finales posibles para el juego. Si Gordon acepta la propuesta, entonces G-man lo pondrá en modo "hibernación" por un tiempo indefinido hasta que le sea de utilidad. Si por el contrario Gordon decide rechazar la oferta, entonces G-Man teletransporta a nuestro protagonista a un lugar desconocido donde aparecerá desprovisto de armas y rodeado de alienígenas hostiles que se le aproximan, dando a entender que Gordon muere.
En la secuela
Half-Life 2 se asume que Gordon escogerá la primera opción y tras ser hibernado por G-man despertará unos años más tarde al inicio del siguiente juego.
